bowtie [生物資訊實驗室]
 

Bowtie aligner 簡介

軟體簡介 Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner
核心技術 Mapping / Burrows-Wheeler / FM Index
原創作者 Ben Langmead / Cole Trapnell
維護狀況 0.12.3 release - 2010/02/17
輸入格式 FASTQ
輸出格式 SAM / Bowtie default format
適用機器架構 i386 / x86_64
作業平台 Linux, Windows, and Mac OS X

使用說明

本軟體目前安裝於BIP2(140.123.126.234)主機, 實驗帳號為Bioinfo 若有需要利用此軟體進行實驗, 請與 冠宏/盈達 聯絡索取實驗帳號資料

軟體目錄目標路徑: /home/bioinfo/alignmentTool/bowtie-0.12.3

Getting started

  1. Building a new index
  2. Performing alignments
  3. Finding variations with SAMtools

準備資料

  1. Reference genome data (*.fa)
  2. NGS Short reads data (*.fastq)

Building a new index

  • 根據 reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File
# bowtie-build [options]* <reference_in> <ebwt_base>

Performing alignments

  • NGS short reads data (e.g. leftRead.fastq / rightRead.fastq)
  • refernece genome data(e.g. reference.fa)
# bowtie [options]* <ebwt> {-1 <m1> -2 <m2> | --12 <r> | <s>} [<hit>]
  • Solid data for single-read alignment
# bowtie -S -a -f -C -p 7 <reference-index> <singleRead.csfasta> -Q <singleRead.qual> > <alignResult.sam>

-S     :輸出為sam檔
-a     :把所有對到的read列出來,即使有multiple mapping
-C     :input為.csfasta
-Q     :.csfasta 內容裡無 quality value,所以需準備 .qual
-f     :伴隨 -Q -C 參數
-p int :用幾顆cpu跑
  • If bowtie Paired end 100% failed to align

> http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=6522

Finding variations with SAMtools

  • 輸出sam格式

# bowtie -S e_coli reads/e_coli_10000snp.fq ec_snp.sam

  • 轉成bam格式

# samtools view -bS -o ec_snp.bam ec_snp.sam

  • 排序bam資料

# samtools sort ec_snp.bam ec_snp.sorted

  • 結合bam資料

# samtools merge <out.bam> <in.bam> | <in.bam> …

  • 找尋SNP

# samtools pileup -cv -f genomes/NC_008253.fna ec_snp.sorted.bam

其他

參考資料

相關連結

 
bowtie.txt · 上一次變更: 2014/06/05 16:33 (external edit)
 
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