生物資訊是一門整合生命科學與電腦科學的跨領域研究。此Wiki由【計算生物學】與【生物資訊演算法】之修課學生，國立中正大學生物資訊實驗室同學，與指導老師黃耀廷博士所共同編寫。生物資訊之背景知識，涵蓋部份生物、遺傳、統計、與演算法之背景知識，可分以下子課題介紹：

• 生命科學
• 遺傳演化
• 生物統計
• 生物資訊演算法

• 各代定序技術簡介
• Assembly Tool: 沒有參考基因體(Reference Genome)的物種(例如，鴿子、蓮霧)，定序完必須把破碎的序列重組出一條參考基因體。
  • Assembly Tools:
    • de bruijn graph assemblers: Velvet、Euler-SR、SOAPdenovo、ABySS、CLCBio
    • Overlap-graph assemblers: MIRA、AMOS package
    • Scaffolder: SOAPdenovo, SSPACE, Bambus, IMAGE2.
  • Gene Prediction
  • Gene Ontology Annotation
• Alignment Tool: 已經有參考基因體的物種(例如，人類、稻米)，定序完可以直接把序列對回去(Align)參考基因體。
  • Short read alignment: BOWTIE、BWA、Bfast、MAQ、Multiple Mapping Issue、Bwotie2
    • Alignment檔案處理: SAM CIGAR Illustration、SAMTools、Tabix for range query、Split Bam、挑出成對序列
    • Local realignment for small indels: SAMTools、GATK
  • Long read alignment: BLAT、BLAST使用範例、wwwblast安裝設定、Lastz
  • Repeat mask、序列方向性、SOLid2Illumina

• Variation Discovery Tool: 把序列對回去參考基因體後，可以進一步分析該個體是否有突變。
  • SNP discovery tool：SAMTool for SNPs、Broad Institute GATK、SOAPSnp
  • Small indel discovery tool： SAMTool for Indels、AB Small Indel Tool
  • Large Indel discovery tool：BreakDancer、AB Large Indel Tool
  • Copy Number estimation tool：CNVseq
  • Structural Variant discovery tool：BreakDancer、GASV
• RNA Seq
• Chip Seq: analyze protein interactions with DNA, which is often used to identify transcription factor binding sites.
• Exome Seq: target sequence of exons in the genome.

• 程式撰寫：Perl基本語法、Latex使用、R統計軟體教學、Unix檔案處理工具、MySQL基本語法、GIT基本語法
• 基因體瀏覽器：UCSC Genome Browser、Ensembl
• 突變資料庫：1000 Genome Project、International HapMap Project、Structure Variation Database、Segmental Duplication
• 經驗分享：Bioinformtics: an overloaded term、Bioinformatics elephant and Blind men
• 電子書：Molecular Biology of the Cell
• 其他：Gbrowse2(安裝教學)、Unigene/Ensembl/GO Mapping

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